สำนักงานธนารักษ์พื้นที่กาญจนบุรี มีอำนาจหน้าที่ภายในเขตท้องที่รับผิดชอบ ดำเนินการเกี่ยวกับการปกครอง การดูแล การบำรุงรักษา และ การพัฒนาศักยภาพที่ราชพัสดุ ดำเนินการเกี่ยวกับการใช้ที่ราชพัสดุ รวมทั้งการจัดหาประโยชน์และทำนิติกรรมที่เกี่ยวข้องกับที่ราชพัสดุ ดำเนินการเกี่ยวกับการประเมินราคาอสังหาริมทรัพย์และทรัพย์สินอื่นตามกฎหมายที่เกี่ยวข้อง ดำเนินการและประสานงานเกี่ยวกับเงินคงคลังและเงินตรา ที่เป็นอำนาจหน้าที่ของกรม ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย